A FENOP, tem como missão exercer a coordenação e a representação dos operadores portuários, de forma integrada com seus sindicatos e articulada com as demais entidades classistas, promovendo, com sua liderança no setor empresarial portuário, o desenvolvimento da atividade econômica, de forma sustentada e equilibrada em todas a áreas a ela relacionadas.

A FENOP tem como principal objetivo atuar na defesa dos interesses e na proteção dos direitos da categoria dos Operadores Portuários, prestando serviços para o desenvolvimento das atividades portuárias e traçando políticas estratégicas que beneficiem as empresas operadoras, fortalecendo a iniciativa privada na exploração dos portos brasileiros, estimulando o aumento da corrente do comércio internacional e a implementação de ações visando a redução do Custo Brasil.

As atividades da FENOP estão voltadas para a implementação de projetos que levarão ao desenvolvimento de ações voltadas para os operadores portuários, permitindo uma compreensão do perfil do operador portuário e possibilitando, assim, sua afirmação frente a sociedade brasileira, de modo a influenciar cada vez mais a política dos portos neste país.